El Ministerio de Sanidad debe desdoblar, en la presentación de los datos, la serie histórica de las PERSONAS CURADAS, distinguiendo entre aquellas que hayan dado alguna vez positivo en alguna prueba PCR y las que nunca dieron positivo en una prueba PCR. En esa misma línea, el Ministerio de Sanidad debe unificar los criterios en base a los cuales las Comunidades Autónomas contabilizan a una persona como curada. Sin unos criterios unificados a la hora de ofrecer los datos, no podemos comparar el curso de la enfermedad entre diferentes regiones, lo que necesariamente distorsiona los modelos que puedan hacerse para la predicción de posibles rebrotes, con el peligro para la salud pública que tal cosa supone. Desde aquí hago un llamamiento a los periodistas de datos para que intensifiquen sus investigaciones, para que exijan a las autoridades la claridad en los datos que los científicos necesiten. - Adjunto el enlace del fichero descargable que ofrece el Ministerio de Sanidad para que podáis hacer vuestras propias comprobaciones: https://cnecovid.isciii.es/covid19/resources/agregados.csv (Nota: este fichero a veces lo actualizan de manera retrospectiva. En el video trabajo con los datos disponibles del 12/05/2020. A fecha de 14/05/2020 siguen, se sigue dando el mismo fenómeno que describo en el vídeo.) - Adjunto enlace de la web de la Acción Matemática contra el Coronavirus: http://matematicas.uclm.es/cemat/covid19/en/ - Podéis encontrar más ejemplos y explicaciones adicionales en mi video anterior: https://youtu.be/F4iFNhAFics
sábado, mayo 16, 2020
Sin criterios homogéneos para contabilizar curados, es muy difícil anticipar rebrotes
El Ministerio de Sanidad debe desdoblar, en la presentación de los datos, la serie histórica de las PERSONAS CURADAS, distinguiendo entre aquellas que hayan dado alguna vez positivo en alguna prueba PCR y las que nunca dieron positivo en una prueba PCR. En esa misma línea, el Ministerio de Sanidad debe unificar los criterios en base a los cuales las Comunidades Autónomas contabilizan a una persona como curada. Sin unos criterios unificados a la hora de ofrecer los datos, no podemos comparar el curso de la enfermedad entre diferentes regiones, lo que necesariamente distorsiona los modelos que puedan hacerse para la predicción de posibles rebrotes, con el peligro para la salud pública que tal cosa supone. Desde aquí hago un llamamiento a los periodistas de datos para que intensifiquen sus investigaciones, para que exijan a las autoridades la claridad en los datos que los científicos necesiten. - Adjunto el enlace del fichero descargable que ofrece el Ministerio de Sanidad para que podáis hacer vuestras propias comprobaciones: https://cnecovid.isciii.es/covid19/resources/agregados.csv (Nota: este fichero a veces lo actualizan de manera retrospectiva. En el video trabajo con los datos disponibles del 12/05/2020. A fecha de 14/05/2020 siguen, se sigue dando el mismo fenómeno que describo en el vídeo.) - Adjunto enlace de la web de la Acción Matemática contra el Coronavirus: http://matematicas.uclm.es/cemat/covid19/en/ - Podéis encontrar más ejemplos y explicaciones adicionales en mi video anterior: https://youtu.be/F4iFNhAFics
domingo, mayo 10, 2020
El Ministerio de Sanidad debe desdoblar los CURADOS según hayan tenido síntomas o no
El Ministerio de Sanidad de España, a fecha de 7 de mayo de 2020 ofrece, en una única serie histórica, las cantidades totales de "infecciones resueltas" sin distinguir si provienen de pacientes que padecieron la enfermedad COVID - 19 o únicamente se trata de personas de las que solo se sabe que han desarrollado los anticuerpos. La consecuencia de NO desdoblar estos datos ha dado lugar a una presentación confusa de los datos, llevando a varios medios de comunicación a inferir cifras de casos activos erróneas. Con los datos que el Ministerio de Sanidad hace públicos a fecha de la publicación de este video, ES posible inferir la cifra de casos activos totales, si no tenemos en cuenta si los pacientes han tenido o no síntomas, pero NO es posible inferir la cifra de casos activos totales de únicamente las personas que han desarrollado síntomas de la enfermedad COVID-19.
martes, mayo 05, 2020
Esperar, al menos, 2 semanas más podría ser vital para evitar un rebrote en la Comunidad de Madrid
En las siguientes líneas presento los resultados de la simulación de un rebrote del COVID-19 bajo los siguientes supuestos:
Conviene aclarar que estos supuestos son meras hipótesis de trabajo que fijamos para todas las Comunidades Autónomas de modo que obtengamos resultados comparables entre unas y otras. Que los hayamos fijado de este modo no implica que la implementación de la FASE 1 suponga multiplicar por dos cada semana la tasa de transmisión, porque sencillamente no podemos saber de antemano cuánto supone. Lo que nos dice este trabajo es que, si así fuera, unas regiones sufrirían un rebrote del 11 de mayo en adelante y otras regiones no.
A medida que las diferentes investigaciones interdisciplinares vayan arrojando luz acerca del comportamiento del virus, podremos reajustar las hipótesis. Sirva como ejemplo la correlación encontrada entre la transmisión del virus y la temperatura de la región estudiada, un indicio esperanzador de cara a los próximos meses en todo el hemisferio norte. Pero no tenemos la certeza y la cantidad de factores que pueden intervenir es inmensa, empezando por el efecto del aire acondicionado como transmisor del virus. Valgan estos comentarios para advertir que, a pesar de los últimos buenos datos, lo sensato es, a todas luces, llevar a cabo medidas prudentes, poner en marcha un plan de desescalada asimétrico que permita a las autoridades aprender de las regiones donde los números sí estén avalando empezar antes la desescalada.
En el siguiente informe se aplica el modelo SIR (con algunos ajustes) [1] a los datos oficiales ofrecidos por el Ministerio de Sanidad de España y las hipótesis mencionadas. En resumen, lo que obtendremos es que si la FASE 1 supusiera doblar cada semana de su vigencia la tasa de transmisión, entonces algunas regiones verían aumentar su número reproductivo básico (R0) por encima de 1 y otras regiones no.
En particular, obtenemos que Asturias, Cantabria, Navarra, Aragón, Comunidad Valenciana Islas Baleares, Murcia, Andalucía y Extremadura, bajo las hipótesis señaladas, NO desarrollarían un rebrote entre el 11 y el 25 de mayo:
Pese a los buenos augurios que estas gráficas nos regalan, no debemos olvidar que, a priori, la sociedad no está inmunizada y que solo un puñado de casos activos podría provocar un grave repunte si en lugar de cumplirse las normas de desescalada gradual, se decretara una vuelta brusca a la normalidad.
Del otro lado tenemos La Rioja, Castilla y León, Castilla - La Mancha, Madrid y Cataluña, donde, durante las fechas señaladas (del 11 al 25 de mayo) el mencionado R0 volvería, en algún momento, a situarse por encima de 1, observándose un “segundo pico”. No olvidemos la tercera hipótesis, que es que al Gobierno le diera tiempo a revertir la medida a fecha del 25 de mayo para volver a la situación de confinamiento actual; pues sin esa hipótesis, la magnitud del rebrote sería muchísimo más grande que el pico que felizmente acabamos de coronar en España.
La generación de un segundo pico en La Rioja y en Cataluña no sería demasiado alarmante, mientras que en Castilla y León, Castilla - La Mancha y, sobre todo, la Comunidad de Madrid sí se darían repuntes notables.
Nota sobre las CC.AA. no mencionadas. La baja cantidad absoluta de casos activos actuales en Ceuta y Melilla desvirtúa demasiado el modelo, de modo que las hemos excluido. Si se dan el resto de condiciones sanitarias podría no ser desaconsejable avanzar hacia la FASE 1 en las Ciudades Autónomas. Para el caso de Galicia, País Vasco y Canarias, se han encontrado incoherencias en los datos oficiales que hacen imposible generar resultados automatizados con el software desarrollado [2] (habría que corregir los input a mano). En particular: para Galicia se muestra un salto incoherente de 3000 pacientes recuperados en un día, para el País Vasco se rellena por duplicado la columna “Casos” y la columna “PCR” y para Canarias se observa un extraño aumento en la tasa de transmisión en la última semana, aún con confinamiento (lo que podría no ser más que un aumento en la cantidad de tests realizados, pero que, en cualquier caso, habrá que seguir estudiando).
Mi intención en los próximos días es volver a lanzar la cadena y analizar los resultados obtenidos. Quizá para entonces se corrija alguna tendencia, los datos oficiales ofrezcan más información o se observe que hayan hecho correcciones en algunas series históricas. Tal pretendido seguimiento nos podría dar una idea más precisa, según se acerquen fechas críticas, sobre la conveniencia o no de la implementación de la FASE 1 en cada una de las regiones.
La modelización con ecuaciones diferenciales con las hipótesis señaladas nos arrojan un escenario muy poco halagüeño para regiones como Madrid. Desde este modesto artículo, me gustaría pedir a los colegas matemáticos que puedan leerme que no se queden en la comprensión de las posibles conclusiones, sino que vayan un poco más allá y puedan confirmar si las hipótesis de trabajo son adecuadas y, en su caso, si las conclusiones que de ellas se desprenderían son correctas. Por mi parte, y desde la modestia expresada, no puedo sino desaconsejar que la Comunidad de Madrid pase a la FASE 1 el día 11 de mayo. Para Castilla y León y Castilla - La Mancha (y, de hecho, para toda España) habría que focalizar en cada una de las distintas provincias para comprobar si el resultado medio está enmascarando una situación preocupante en algún núcleo concreto y, del mismo modo, fuera posible ser un poco más laxo con alguna provincia en particular.
Antes de concluir, hagamos un último ejercicio. Lancemos el software para comprobar qué ocurriría manteniendo las mismas hipótesis, pero dando a las 5 Comunidades Autónomas que acabamos de señalar, dos semanas más de margen:
Puede observarse como dos semanas más pueden ser vitales para las citadas Comunidades Autónomas, y, en particular, para la más afectada, que, como veníamos diciendo, es la Comunidad de Madrid. Así pues, en base a estos argumentos, lo prudente es que la Comunidad de Madrid espere, al menos, hasta el 25 de mayo para iniciar la FASE 1. En Madrid, alcanzamos el pico de casos activos el 31/03/2020, cuando la cantidad de personas infectadas superaba las 24.000. Llevamos 34 días de descenso sostenido de los casos activos, pero en términos comparativos, en esos 34 días sólo habríamos recorrido una tercera parte del camino: a 03/05/2020 aún superamos los 16.000 casos activos. Cierto es que los casos notificados hoy corresponden a personas que se contagiaron hace alrededor de una semana, es decir, que quizá estemos un poco mejor de lo que indica esta última cifra.
No obstante, estoy ciertamente preocupado. En esta simulación ni siquiera se recoge la FASE 0 que en estos momentos ya ha entrado en vigor, durante la cual he podido observar con mis propios ojos como en las calles y parques de Madrid, las normas de distanciamiento social no se están cumpliendo como debieran y la notable descoordinación entre el Gobierno central y el Ayuntamiento de Madrid es tal que, a la vez que el Gobierno permite a la gente pasear, el Ayuntamiento no ha procedido ni siquiera a permitir la peatonalización (ni siquiera temporal) de una cantidad notable de calzadas a fin de facilitar el distanciamiento social. Desde este modesto artículo, pido al lector que tuviera en su mano propiciar tal cosa, que rogara al Presidente del Gobierno, Pedro Sánchez, y al Alcalde de Madrid, José Luis Martínez Almeida, que se reúnan de inmediato para afrontar la crisis del COVID-19 con unidad de acción, olvidando las siglas y encomendándose a la comunidad científica.
En la siguiente página, podréis ver el modelo matemático utilizado (no incluye aún algunas de las hipótesis particulares utilizadas en este artículo):
[1] ¿Dónde empezar a relajar las medidas de confinamiento?
Y en el siguiente vídeo podéis saber más acerca del software utilizado:
[2] Prototipo #EquipoDesescalada hackathon #HackeAlCovid
Cualquier comentario, crítica acerca del modelo utilizado (o de las hipótesis empleadas) u ofrecimiento de colaboración para continuar modelizando: no dudéis en escribirme. Algo que necesitaría serían fuentes oficiales de datos a nivel más detallado que la Comunidad Autónoma (provincias, islas, etcétera).
- En cada una de las Comunidades Autónomas españolas, el Gobierno da vía verde a la FASE 1 de la desescalada anunciada, a partir del 11 de mayo.
- La tasa de transmisión se dobla cada semana desde la fecha de inicio de la desescalada señalada (11 de mayo).
- El 25 de mayo se vuelve a aumentar el grado de confinamiento par frenar el eventual rebrote en la medida de lo posible.
- La semana del 4 al 11 de mayo (FASE 0) no se registraría ningún repunte, de modo que hemos tomado como tasa de transmisión la correspondiente a la misma tendencia media apreciada la semana anterior (que es a la baja).
Conviene aclarar que estos supuestos son meras hipótesis de trabajo que fijamos para todas las Comunidades Autónomas de modo que obtengamos resultados comparables entre unas y otras. Que los hayamos fijado de este modo no implica que la implementación de la FASE 1 suponga multiplicar por dos cada semana la tasa de transmisión, porque sencillamente no podemos saber de antemano cuánto supone. Lo que nos dice este trabajo es que, si así fuera, unas regiones sufrirían un rebrote del 11 de mayo en adelante y otras regiones no.
A medida que las diferentes investigaciones interdisciplinares vayan arrojando luz acerca del comportamiento del virus, podremos reajustar las hipótesis. Sirva como ejemplo la correlación encontrada entre la transmisión del virus y la temperatura de la región estudiada, un indicio esperanzador de cara a los próximos meses en todo el hemisferio norte. Pero no tenemos la certeza y la cantidad de factores que pueden intervenir es inmensa, empezando por el efecto del aire acondicionado como transmisor del virus. Valgan estos comentarios para advertir que, a pesar de los últimos buenos datos, lo sensato es, a todas luces, llevar a cabo medidas prudentes, poner en marcha un plan de desescalada asimétrico que permita a las autoridades aprender de las regiones donde los números sí estén avalando empezar antes la desescalada.
En el siguiente informe se aplica el modelo SIR (con algunos ajustes) [1] a los datos oficiales ofrecidos por el Ministerio de Sanidad de España y las hipótesis mencionadas. En resumen, lo que obtendremos es que si la FASE 1 supusiera doblar cada semana de su vigencia la tasa de transmisión, entonces algunas regiones verían aumentar su número reproductivo básico (R0) por encima de 1 y otras regiones no.
En particular, obtenemos que Asturias, Cantabria, Navarra, Aragón, Comunidad Valenciana Islas Baleares, Murcia, Andalucía y Extremadura, bajo las hipótesis señaladas, NO desarrollarían un rebrote entre el 11 y el 25 de mayo:
Pese a los buenos augurios que estas gráficas nos regalan, no debemos olvidar que, a priori, la sociedad no está inmunizada y que solo un puñado de casos activos podría provocar un grave repunte si en lugar de cumplirse las normas de desescalada gradual, se decretara una vuelta brusca a la normalidad.
Del otro lado tenemos La Rioja, Castilla y León, Castilla - La Mancha, Madrid y Cataluña, donde, durante las fechas señaladas (del 11 al 25 de mayo) el mencionado R0 volvería, en algún momento, a situarse por encima de 1, observándose un “segundo pico”. No olvidemos la tercera hipótesis, que es que al Gobierno le diera tiempo a revertir la medida a fecha del 25 de mayo para volver a la situación de confinamiento actual; pues sin esa hipótesis, la magnitud del rebrote sería muchísimo más grande que el pico que felizmente acabamos de coronar en España.
La generación de un segundo pico en La Rioja y en Cataluña no sería demasiado alarmante, mientras que en Castilla y León, Castilla - La Mancha y, sobre todo, la Comunidad de Madrid sí se darían repuntes notables.
Nota sobre las CC.AA. no mencionadas. La baja cantidad absoluta de casos activos actuales en Ceuta y Melilla desvirtúa demasiado el modelo, de modo que las hemos excluido. Si se dan el resto de condiciones sanitarias podría no ser desaconsejable avanzar hacia la FASE 1 en las Ciudades Autónomas. Para el caso de Galicia, País Vasco y Canarias, se han encontrado incoherencias en los datos oficiales que hacen imposible generar resultados automatizados con el software desarrollado [2] (habría que corregir los input a mano). En particular: para Galicia se muestra un salto incoherente de 3000 pacientes recuperados en un día, para el País Vasco se rellena por duplicado la columna “Casos” y la columna “PCR” y para Canarias se observa un extraño aumento en la tasa de transmisión en la última semana, aún con confinamiento (lo que podría no ser más que un aumento en la cantidad de tests realizados, pero que, en cualquier caso, habrá que seguir estudiando).
Mi intención en los próximos días es volver a lanzar la cadena y analizar los resultados obtenidos. Quizá para entonces se corrija alguna tendencia, los datos oficiales ofrezcan más información o se observe que hayan hecho correcciones en algunas series históricas. Tal pretendido seguimiento nos podría dar una idea más precisa, según se acerquen fechas críticas, sobre la conveniencia o no de la implementación de la FASE 1 en cada una de las regiones.
La modelización con ecuaciones diferenciales con las hipótesis señaladas nos arrojan un escenario muy poco halagüeño para regiones como Madrid. Desde este modesto artículo, me gustaría pedir a los colegas matemáticos que puedan leerme que no se queden en la comprensión de las posibles conclusiones, sino que vayan un poco más allá y puedan confirmar si las hipótesis de trabajo son adecuadas y, en su caso, si las conclusiones que de ellas se desprenderían son correctas. Por mi parte, y desde la modestia expresada, no puedo sino desaconsejar que la Comunidad de Madrid pase a la FASE 1 el día 11 de mayo. Para Castilla y León y Castilla - La Mancha (y, de hecho, para toda España) habría que focalizar en cada una de las distintas provincias para comprobar si el resultado medio está enmascarando una situación preocupante en algún núcleo concreto y, del mismo modo, fuera posible ser un poco más laxo con alguna provincia en particular.
Antes de concluir, hagamos un último ejercicio. Lancemos el software para comprobar qué ocurriría manteniendo las mismas hipótesis, pero dando a las 5 Comunidades Autónomas que acabamos de señalar, dos semanas más de margen:
Puede observarse como dos semanas más pueden ser vitales para las citadas Comunidades Autónomas, y, en particular, para la más afectada, que, como veníamos diciendo, es la Comunidad de Madrid. Así pues, en base a estos argumentos, lo prudente es que la Comunidad de Madrid espere, al menos, hasta el 25 de mayo para iniciar la FASE 1. En Madrid, alcanzamos el pico de casos activos el 31/03/2020, cuando la cantidad de personas infectadas superaba las 24.000. Llevamos 34 días de descenso sostenido de los casos activos, pero en términos comparativos, en esos 34 días sólo habríamos recorrido una tercera parte del camino: a 03/05/2020 aún superamos los 16.000 casos activos. Cierto es que los casos notificados hoy corresponden a personas que se contagiaron hace alrededor de una semana, es decir, que quizá estemos un poco mejor de lo que indica esta última cifra.
No obstante, estoy ciertamente preocupado. En esta simulación ni siquiera se recoge la FASE 0 que en estos momentos ya ha entrado en vigor, durante la cual he podido observar con mis propios ojos como en las calles y parques de Madrid, las normas de distanciamiento social no se están cumpliendo como debieran y la notable descoordinación entre el Gobierno central y el Ayuntamiento de Madrid es tal que, a la vez que el Gobierno permite a la gente pasear, el Ayuntamiento no ha procedido ni siquiera a permitir la peatonalización (ni siquiera temporal) de una cantidad notable de calzadas a fin de facilitar el distanciamiento social. Desde este modesto artículo, pido al lector que tuviera en su mano propiciar tal cosa, que rogara al Presidente del Gobierno, Pedro Sánchez, y al Alcalde de Madrid, José Luis Martínez Almeida, que se reúnan de inmediato para afrontar la crisis del COVID-19 con unidad de acción, olvidando las siglas y encomendándose a la comunidad científica.
En la siguiente página, podréis ver el modelo matemático utilizado (no incluye aún algunas de las hipótesis particulares utilizadas en este artículo):
[1] ¿Dónde empezar a relajar las medidas de confinamiento?
Y en el siguiente vídeo podéis saber más acerca del software utilizado:
[2] Prototipo #EquipoDesescalada hackathon #HackeAlCovid
Cualquier comentario, crítica acerca del modelo utilizado (o de las hipótesis empleadas) u ofrecimiento de colaboración para continuar modelizando: no dudéis en escribirme. Algo que necesitaría serían fuentes oficiales de datos a nivel más detallado que la Comunidad Autónoma (provincias, islas, etcétera).
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